Při prohlídce zámku v Novém Jičíně utkví každému návštěvníkovi v paměti nesmazatelné stopy po panování rodu Žerotínů v první polovině 16. století a správě Tereziánské akademie v 19. století. V průběhu dvou století mezi těmito dvěmi etapami však zámecký areál společně s novojicko-štramberským panstvím prošel rozsáhlými změnami, které vyvrcholily vznikem hejtmanství a jezuitského velkostatku.
V osudném roce 1558 se Jan ze Žerotína rozhodl prodat celé své panství a přemístit své sídlo do nově upravovaného zámku v Náměšti nad Oslavou. Ještě téhož roku se zastupitelům města Nového Jičína podařilo vykoupit z poddanství a získat statut municipálního města. Prvním správcem zámku po odchodu šlechty je uváděn Andreas Rzepa von Greifendorf. Bohužel zámek po odchodu Žerotínů zůstal nedostavěn jako celek a neustále chátral. Zámecký komplex nebyl vhodně využíván a následná kontrola císařské komise v roce 1570 označila ve své zprávě zámecký objekt jako dům bez jakékoliv umělecké hodnoty. Městské zastupitelstvo se přesto snažilo o celkovou přeměnu zámeckého objektu. Uběhlo však několik let než v roce 1586 získalo svolení císaře Rudolfa II. (1552 - 1612) přeměnit zámek na radnici. Součástí císařského výnosu byl i souhlas se zbouráním starého dřevěného pivovaru a rybí lavice na náměstí a jejich přenesení do budovy staré radnice, přičemž nová radnice byla zřízena na zámku. V souvislosti s těmito změnami došlo k nezbytným stavebním úpravám a teprve r. 1593 za purkmistra Simona Pischkittla se podařilo oficiálně zahájit provoz radnice na zámku. Důležitou stavební a dispoziční změnou přestavby zámku na radnici byla výstavba dvoupodlažního pozdně renesančního přístavku středního zámeckého traktu. S nástupem třicetileté války byl zámek využíván jako středisko místní posádky. Bohužel válka přišla příliš brzy a přinesla s sebou velké změny nejen pro tehdy protestantské královské město, ale i pro zámek. Při obléhání města vojsky markraběte Jana Jiřího (1577 - 1624) byl zámek osudného 25. července 1621 hlavním opěrným bodem císařské posádky. Na předměstí Nového Jičína byla tehdy svedena jedna z největších bitev celého tažení, při které se z těžkého obležení nakonec směrem ze zámku přes Horní bránu probojovalo pouze několik jezdců. Na 500 císařských vojáků zde bylo pobito nebo zmasakrováno.
Události z července 1621, kdy se novojičínští občané zdráhali pomáhat císařské posádce a vítali příchod protestantského vojska, přinesly nečekanou odezvu. Zemský správce olomoucký biskup a kardinál František kníže Dietrichstein (1599 - 1636) při novém uspořádání poměrů na Moravě si v roce 1624 vzpomněl na odbojnost novojičínského panství a dopomohl ke konfiskaci novojičínského zboží ve prospěch jezuitského konviktu v Olomouci jako císařské Ferdinandovo nadační panství. Novojičínský purkmistr Paul Brustmann předal vládu nad novojicko-štramberským zbožím jezuitskému regentu Jakobu Hackhovi, který s vojenskou asistencí obsadil město a zámek, zabavil městu všechna předchozí privilegia a stal se prvním regentem zřízeného jezuitského velkostatku. Zároveň byla zavedena funkce hejtmana, který zastupoval jezuitskou moc na panství a rezidoval přímo na zámku. Pokračování změn a pohrom pro život ve městě a na zámku nastalo již v roce 1625. Město a okolí tehdy zasáhla rána morová. Mezi jinými na ni umírá také první zámecký hejtman Friedrich Czischess. Mezi hejtmany byly zpočátku uváděny osoby dosazené přímo olomouckým konviktem, avšak později se určitá nadřazenost vytrácí a hejtmanský post získávají lidé místní nebo z nejbližšího okolí. Příkladem může být i zámecký hejtman Georg Schindler, jenž v letech 1630 - 1633 vykonával funkci zámeckého hejtmana a celých deset let byl purkmistrem Nového Jičína. Dalším je Peter Ignaz Klozmann von Reichenau, ten držel hejtmanský post v letech 1651 - 1654 a zároveň v letech 1651 - 1658 vykonával purkmisterský úřad v Novém Jičíně.
Za vlády jezuitů a jejich hejtmanů byla část zámeckých místností upravena pro správní účely a část nevyužitých prostor proměněna v sýpky. Shromažďovaly se v nich zásoby obilí z celého panství. Na drobných zámeckých kamenických pracích se podílel v letech 1634 - 1640 novojičínský kamenický mistr Jindřich Buchta. Jezuité se dokonce v rámci možností pokoušeli zřídit na zámku vinopalnu, což se jim však nepodařilo.
Zámek hejtmané používali jako svou rezidenci společně s radnicí až do roku 1659. Tehdy jezuité odkoupili dům Daniela Hoffmana na náměstí a obratem jej věnovali městu pro zřízení radnice. Slavnostní přemístění radnice ze zámku do nového domu bylo oslaveno se vší parádou doprovázenou troubením a bubnováním na tympány.
Na závěr třicetileté války se odehrála významná návštěva zámku z řad císařské a královské rodiny. Na vrcholu léta 19. srpna 1637 se zastavili na zámku v Novém Jičíně polský král Vladislav Sigismund IV. Vasa (1595 - 1648) a jeho nastávající choť a zároveň sestřenice arcivévodkyně Cecilie Renata (1611 - 1644). Byla nejmladší dcerou císaře Ferdinanda II., jehož portrét dodnes zdobí zámecké pokoje. Mezi jejich společníky na cestě z Vídně do Polska patřili také arcivévodkyně Klaudie, králův bratr princ Kazimír a více než tisíc rakouských a polských šlechticů s doprovodem. Po přivítacím ceremoniálu zámeckého hejtmana Paula Lundase budoucí polský královský pár na zámku přenocoval a pokračoval dál do polské země.
Dalším historickým mezníkem zámeckého objektu byl rok 1680, kdy vypukl ve městě požár. Byl zasažen rovněž zámek. Oheň zničil střechu a stropy v poschodí. Napáchané škody byly jen zčásti odstraněny a na zámku byly provedeny jen nejnutnější opravy. Ve druhé polovině 18. století byla nad renesančními konírnami jihovýchodního traktu zámku vystavěna pozdně barokní přístavba s romantizujícím průčelím. Roku 1760 byly valy a příkopy okolo zámku proměněny v zahrady.
Život na zámku nepřímo ovlivňovaly také rány morové, které v průběhu vlády jezuitů v Novém Jičíně několikrát narušily život města. I přesto se celé panství stalo vysoce produktivním a nejvýnosnějším statkem olomoucké jezuitské koleje.
Období konce vlády císařovny Marie Terezie přineslo pro novojičínský zámek nečekané změny. Breve Dominus ac redemptor noster podepsané papežem Klementem XIV. dne 21. července 1773 ukončilo všechny další jezuitské aktivity na novojicko-štramberském panství. Zrušení řádu mělo za následek zřízení císařské komise pro Moravu, která zinventarizovala položky všech řádových statků. Hejtman novojického statku byl pověřen vypracovat ve dnech 15. - 31. října roku 1773 závěrečné vyúčtování vedení hospodářských záležitostí. Tímto datem končí éra Jezuitského zámku a nastává kratší přechodné období, které vyústilo v roce 1781 v příchod Tereziánské vojenské akademie z Vídeňského Nového města.